* using log directory ‘/data/gannet/ripley/R/packages/tests-clang/WeMix.Rcheck’
* using R Under development (unstable) (2025-02-28 r87848)
* using platform: x86_64-pc-linux-gnu
* R was compiled by
    clang version 20.1.0-rc3
    flang version 20.1.0-rc3
* running under: Fedora Linux 40 (Workstation Edition)
* using session charset: UTF-8
* using option ‘--no-stop-on-test-error’
* checking for file ‘WeMix/DESCRIPTION’ ... OK
* this is package ‘WeMix’ version ‘4.0.3’
* package encoding: UTF-8
* checking package namespace information ... OK
* checking package dependencies ... OK
* checking if this is a source package ... OK
* checking if there is a namespace ... OK
* checking for executable files ... OK
* checking for hidden files and directories ... OK
* checking for portable file names ... OK
* checking for sufficient/correct file permissions ... OK
* checking whether package ‘WeMix’ can be installed ... [19s/23s] OK
See 'https://www.r-project.org/nosvn/R.check/r-devel-linux-x86_64-fedora-clang/WeMix-00install.html' for details.
* checking installed package size ... OK
* checking package directory ... OK
* checking ‘build’ directory ... OK
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* checking top-level files ... OK
* checking for left-over files ... OK
* checking index information ... OK
* checking package subdirectories ... OK
* checking code files for non-ASCII characters ... OK
* checking R files for syntax errors ... OK
* checking whether the package can be loaded ... OK
* checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
* checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK
* checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
* checking loading without being on the library search path ... OK
* checking whether startup messages can be suppressed ... OK
* checking use of S3 registration ... OK
* checking dependencies in R code ... OK
* checking S3 generic/method consistency ... OK
* checking replacement functions ... OK
* checking foreign function calls ... OK
* checking R code for possible problems ... [36s/45s] OK
* checking Rd files ... OK
* checking Rd metadata ... OK
* checking Rd line widths ... OK
* checking Rd cross-references ... OK
* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking sizes of PDF files under ‘inst/doc’ ... OK
* checking installed files from ‘inst/doc’ ... OK
* checking files in ‘vignettes’ ... OK
* checking examples ... OK
* checking for unstated dependencies in ‘tests’ ... OK
* checking tests ... [275s/334s] ERROR
  Running ‘testthat_tests.R’ [274s/333s]
Running the tests in ‘tests/testthat_tests.R’ failed.
Complete output:
  > library(testthat)
  > library(WeMix)
  Loading required package: lme4
  Loading required package: Matrix
  WeMix v4.0.3
  
  > test_check('WeMix')
  [ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
  
  ══ Skipped tests (14) ══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
  • On CRAN (14): 'test-1-main.R:172:3', 'test-1-main.R:202:3', 'test-1-main.R:233:3', 'test-1-main.R:334:3', 'test-1-main.R:751:3', 'test-1-main.R:835:3', 'test-1-main.R:895:3', 'test-1-main.R:1061:3', 'test-1-main.R:1153:5', 'test-1-main.R:1249:3', 'test-1-main.R:1275:3', 'test-2-four-level.R:2:1', 'test-4-ECLS.R:2:1', 'test-5-TIMSS.R:2:1'
  
  ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════
  ── Failure ('test-1-main.R:24:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$theta) not equal to unname(lme1@theta).
  1/1 mismatches
  [1] 1.17 - 0.889 == 0.277
  ── Failure ('test-1-main.R:29:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
  2/2 mismatches (average diff: 278)
  [1] 1297 -  802 == 495
  [2]  955 - 1016 == -61
  ── Failure ('test-1-main.R:57:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(mm$lnl) not equal to unname(logLik(lmr)[[1]]).
  1/1 mismatches
  [1] -903 - -Inf == Inf
  ── Failure ('test-1-main.R:115:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm2$vars) not equal to unname(lmewm2vars)^2.
  3/3 mismatches (average diff: 208)
  [1] 589 - 589 ==   -0.155
  [2]  33 - 589 == -556.436
  [3] 657 - 589 ==   67.066
  ── Failure ('test-1-main.R:121:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  `lme4ranef` not equal to wm2$ranefMat$Subject.
  Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1807847
  Component "Days": Mean relative difference: 0.1578169
  ── Failure ('test-1-main.R:123:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  predict(lme2) not equal to predict(wm2).
  179/179 mismatches (average diff: 1.92)
  [1] 318 - 319 == -0.519
  [2] 333 - 331 ==  1.434
  [3] 361 - 358 ==  3.630
  [4] 260 - 251 ==  8.104
  [5] 239 - 249 == -9.750
  [6] 218 - 215 ==  2.492
  [7] 325 - 324 ==  1.032
  [8] 357 - 357 ==  0.786
  [9] 333 - 334 == -0.669
  ...
  ── Failure ('test-1-main.R:129:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  predict(lme2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE) not equal to predict(wm2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE).
  179/180 mismatches (average diff: 1.78)
  [1] 327 - 328 == -0.697
  [2] 249 - 250 == -1.000
  [3] 333 - 334 == -0.669
  [4] 306 - 307 == -0.266
  [5] 246 - 250 == -3.798
  [6] 248 - 250 == -1.815
  [7] 219 - 221 == -1.697
  [8] 398 - 392 ==  6.228
  [9] 323 - 323 ==  0.320
  ...
  ── Failure ('test-1-main.R:375:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
  Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
  Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
  ── Failure ('test-1-main.R:377:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0RE$Group not equal to lm0RE$Group.
  Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1976107
  ── Failure ('test-1-main.R:382:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.
  Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728
  Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221
  ── Failure ('test-1-main.R:386:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
  4/4 mismatches (average diff: 283)
  [1] 193.1 - 564 == -371
  [2]  28.3 - 564 == -536
  [3] 438.1 - 564 == -126
  [4] 664.6 - 564 ==  101
  ── Failure ('test-1-main.R:389:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
  1/1 mismatches
  [1] -873 - -Inf == Inf
  ── Failure ('test-1-main.R:390:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
  1/2 mismatches
  [1] 252 - 252 == -0.313
  ── Failure ('test-1-main.R:391:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
  1/1 mismatches
  [1] 665 - 564 == 101
  ── Failure ('test-1-main.R:396:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  ranef$Subject not equal to wm0$ranefMat$Subject.
  Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.4534233
  Component "Days": Mean relative difference: 0.2312736
  ── Failure ('test-1-main.R:397:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  ranef$Group not equal to wm0$ranefMat$Group.
  Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.2219234
  ── Failure ('test-1-main.R:458:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
  2/2 mismatches (average diff: 303)
  [1] 1599 - 1045 == 553.8
  [2]  908 -  959 == -51.2
  ── Failure ('test-1-main.R:461:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
  1/1 mismatches
  [1] -1094 - -Inf == Inf
  ── Failure ('test-1-main.R:463:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
  1/1 mismatches
  [1] 908 - 959 == -51.2
  ── Failure ('test-1-main.R:468:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  `lm0ranef` not equal to wm0$ranefMat$Subject.
  Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.03309285
  ── Failure ('test-1-main.R:499:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
  2/2 mismatches (average diff: 278)
  [1] 1297 -  802 == 495
  [2]  955 - 1016 == -61
  ── Failure ('test-1-main.R:502:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
  1/1 mismatches
  [1] -897 - -Inf == Inf
  ── Failure ('test-1-main.R:504:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
  1/1 mismatches
  [1] 955 - 1016 == -61
  ── Failure ('test-1-main.R:568:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.
  3/3 mismatches (average diff: 207)
  [1]  423 -  734 == -311.3
  [2]  755 -  474 ==  281.0
  [3] 1127 - 1099 ==   27.7
  ── Failure ('test-1-main.R:571:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).
  1/1 mismatches
  [1] -1348 - -Inf == Inf
  ── Failure ('test-1-main.R:572:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  coef(wm0) not equal to fixef(lm0).
  2/2 mismatches (average diff: 0.114)
  [1] 245.8 - 246.0 == -0.2088
  [2]  12.4 -  12.4 == -0.0196
  ── Failure ('test-1-main.R:573:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
  1/1 mismatches
  [1] 1127 - 1099 == 27.7
  ── Failure ('test-1-main.R:874:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
  1/1 mismatches
  [1] -893 - -Inf == Inf
  ── Failure ('test-1-main.R:875:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  coef(wm0) not equal to fixef(lmr).
  1/2 mismatches
  [1] 250 - 250 == -0.146
  ── Failure ('test-1-main.R:876:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
  1/1 mismatches
  [1] 955 - 897 == 57.6
  ── Failure ('test-1-main.R:886:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).
  1/1 mismatches
  [1] -893 - -Inf == Inf
  ── Failure ('test-1-main.R:887:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(coef(wm0)) not equal to unname(fixef(lmr)).
  1/2 mismatches
  [1] 297 - 298 == -0.146
  ── Failure ('test-1-main.R:888:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
  unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).
  1/1 mismatches
  [1] 955 - 897 == 57.6
  
  [ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]
  Error: Test failures
  Execution halted
* checking for unstated dependencies in vignettes ... OK
* checking package vignettes ... OK
* checking re-building of vignette outputs ... [16s/22s] OK
* checking PDF version of manual ... OK
* checking HTML version of manual ... OK
* checking for non-standard things in the check directory ... OK
* checking for detritus in the temp directory ... OK
* DONE
Status: 1 ERROR