• using R Under development (unstable) (2025-02-15 r87725)
• using platform: x86_64-pc-linux-gnu
• R was compiled by     clang version 19.1.7     flang-new version 19.1.7
• running under: Fedora Linux 40 (Workstation Edition)
• using session charset: UTF-8
• using option ‘--no-stop-on-test-error’
• checking for file ‘WeMix/DESCRIPTION’ ... OK
• this is package ‘WeMix’ version ‘4.0.3’
• package encoding: UTF-8
• checking package namespace information ... OK
• checking package dependencies ... OK
• checking if this is a source package ... OK
• checking if there is a namespace ... OK
• checking for executable files ... OK
• checking for hidden files and directories ... OK
• checking for portable file names ... OK
• checking for sufficient/correct file permissions ... OK
• checking whether package ‘WeMix’ can be installed ... [22s/59s] OK See the install log for details.
• checking installed package size ... OK
• checking package directory ... OK
• checking ‘build’ directory ... OK
• checking DESCRIPTION meta-information ... OK
• checking top-level files ... OK
• checking for left-over files ... OK
• checking index information ... OK
• checking package subdirectories ... OK
• checking code files for non-ASCII characters ... OK
• checking R files for syntax errors ... OK
• checking whether the package can be loaded ... [4s/11s] OK
• checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... [4s/11s] OK
• checking whether the package can be unloaded cleanly ... [4s/10s] OK
• checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK
• checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
• checking loading without being on the library search path ... [4s/10s] OK
• checking whether startup messages can be suppressed ... [4s/10s] OK
• checking use of S3 registration ... OK
• checking dependencies in R code ... OK
• checking S3 generic/method consistency ... OK
• checking replacement functions ... OK
• checking foreign function calls ... OK
• checking R code for possible problems ... [40s/101s] OK
• checking Rd files ... OK
• checking Rd metadata ... OK
• checking Rd line widths ... OK
• checking Rd cross-references ... OK
• checking for missing documentation entries ... OK
• checking for code/documentation mismatches ... OK
• checking Rd \usage sections ... OK
• checking Rd contents ... OK
• checking for unstated dependencies in examples ... OK
• checking sizes of PDF files under ‘inst/doc’ ... OK
• checking installed files from ‘inst/doc’ ... OK
• checking files in ‘vignettes’ ... OK
• checking examples ... OK
• checking for unstated dependencies in ‘tests’ ... OK
• checking tests ... [302s/536s] ERROR   Running ‘testthat_tests.R’ [302s/535s] Running the tests in ‘tests/testthat_tests.R’ failed. Complete output:   > library(testthat)   > library(WeMix)   Loading required package: lme4   Loading required package: Matrix   WeMix v4.0.3      > test_check('WeMix')   [ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]      ══ Skipped tests (14) ══════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════   • On CRAN (14): 'test-1-main.R:172:3', 'test-1-main.R:202:3', 'test-1-main.R:233:3', 'test-1-main.R:334:3', 'test-1-main.R:751:3', 'test-1-main.R:835:3', 'test-1-main.R:895:3', 'test-1-main.R:1061:3', 'test-1-main.R:1153:5', 'test-1-main.R:1249:3', 'test-1-main.R:1275:3', 'test-2-four-level.R:2:1', 'test-4-ECLS.R:2:1', 'test-5-TIMSS.R:2:1'      ══ Failed tests ════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════════   ── Failure ('test-1-main.R:24:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$theta) not equal to unname(lme1@theta).   1/1 mismatches   [1] 1.17 - 0.889 == 0.277   ── Failure ('test-1-main.R:29:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.   2/2 mismatches (average diff: 278)   [1] 1297 - 802 == 495   [2] 955 - 1016 == -61   ── Failure ('test-1-main.R:57:3'): The model runs ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(mm$lnl) not equal to unname(logLik(lmr)[[1]]).   1/1 mismatches   [1] -903 - -Inf == Inf   ── Failure ('test-1-main.R:115:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm2$vars) not equal to unname(lmewm2vars)^2.   3/3 mismatches (average diff: 208)   [1] 589 - 589 == -0.155   [2] 33 - 589 == -556.436   [3] 657 - 589 == 67.066   ── Failure ('test-1-main.R:121:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   `lme4ranef` not equal to wm2$ranefMat$Subject.   Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1807847   Component "Days": Mean relative difference: 0.1578169   ── Failure ('test-1-main.R:123:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   predict(lme2) not equal to predict(wm2).   179/179 mismatches (average diff: 1.92)   [1] 318 - 319 == -0.519   [2] 333 - 331 == 1.434   [3] 361 - 358 == 3.630   [4] 260 - 251 == 8.104   [5] 239 - 249 == -9.750   [6] 218 - 215 == 2.492   [7] 325 - 324 == 1.032   [8] 357 - 357 == 0.786   [9] 333 - 334 == -0.669   ...   ── Failure ('test-1-main.R:129:3'): Agrees with lme4 3,handles missing data ────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   predict(lme2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE) not equal to predict(wm2, sleepstudyM2, allow.new.levels = TRUE).   179/180 mismatches (average diff: 1.78)   [1] 327 - 328 == -0.697   [2] 249 - 250 == -1.000   [3] 333 - 334 == -0.669   [4] 306 - 307 == -0.266   [5] 246 - 250 == -3.798   [6] 248 - 250 == -1.815   [7] 219 - 221 == -1.697   [8] 398 - 392 == 6.228   [9] 323 - 323 == 0.320   ...   ── Failure ('test-1-main.R:375:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.   Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728   Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221   ── Failure ('test-1-main.R:377:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0RE$Group not equal to lm0RE$Group.   Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.1976107   ── Failure ('test-1-main.R:382:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0RE$Subject not equal to lm0RE$Subject.   Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.7900728   Component "Days": Mean relative difference: 0.2875221   ── Failure ('test-1-main.R:386:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.   4/4 mismatches (average diff: 283)   [1] 193.1 - 564 == -371   [2] 28.3 - 564 == -536   [3] 438.1 - 564 == -126   [4] 664.6 - 564 == 101   ── Failure ('test-1-main.R:389:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).   1/1 mismatches   [1] -873 - -Inf == Inf   ── Failure ('test-1-main.R:390:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   coef(wm0) not equal to fixef(lm0).   1/2 mismatches   [1] 252 - 252 == -0.313   ── Failure ('test-1-main.R:391:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).   1/1 mismatches   [1] 665 - 564 == 101   ── Failure ('test-1-main.R:396:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   ranef$Subject not equal to wm0$ranefMat$Subject.   Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.4534233   Component "Days": Mean relative difference: 0.2312736   ── Failure ('test-1-main.R:397:3'): Unweighted three level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   ranef$Group not equal to wm0$ranefMat$Group.   Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.2219234   ── Failure ('test-1-main.R:458:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.   2/2 mismatches (average diff: 303)   [1] 1599 - 1045 == 553.8   [2] 908 - 959 == -51.2   ── Failure ('test-1-main.R:461:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).   1/1 mismatches   [1] -1094 - -Inf == Inf   ── Failure ('test-1-main.R:463:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).   1/1 mismatches   [1] 908 - 959 == -51.2   ── Failure ('test-1-main.R:468:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   `lm0ranef` not equal to wm0$ranefMat$Subject.   Component "(Intercept)": Mean relative difference: 0.03309285   ── Failure ('test-1-main.R:499:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.   2/2 mismatches (average diff: 278)   [1] 1297 - 802 == 495   [2] 955 - 1016 == -61   ── Failure ('test-1-main.R:502:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).   1/1 mismatches   [1] -897 - -Inf == Inf   ── Failure ('test-1-main.R:504:3'): Weighted v unweighted replicated two level model ───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).   1/1 mismatches   [1] 955 - 1016 == -61   ── Failure ('test-1-main.R:568:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars) not equal to unname(lmevars1)^2.   3/3 mismatches (average diff: 207)   [1] 423 - 734 == -311.3   [2] 755 - 474 == 281.0   [3] 1127 - 1099 == 27.7   ── Failure ('test-1-main.R:571:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lm0)).   1/1 mismatches   [1] -1348 - -Inf == Inf   ── Failure ('test-1-main.R:572:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   coef(wm0) not equal to fixef(lm0).   2/2 mismatches (average diff: 0.114)   [1] 245.8 - 246.0 == -0.2088   [2] 12.4 - 12.4 == -0.0196   ── Failure ('test-1-main.R:573:3'): Weighted v unweighted replicated three level model ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lm0@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).   1/1 mismatches   [1] 1127 - 1099 == 27.7   ── Failure ('test-1-main.R:874:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).   1/1 mismatches   [1] -893 - -Inf == Inf   ── Failure ('test-1-main.R:875:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   coef(wm0) not equal to fixef(lmr).   1/2 mismatches   [1] 250 - 250 == -0.146   ── Failure ('test-1-main.R:876:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).   1/1 mismatches   [1] 955 - 897 == 57.6   ── Failure ('test-1-main.R:886:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   wm0$lnl not equal to as.numeric(logLik(lmr)).   1/1 mismatches   [1] -893 - -Inf == Inf   ── Failure ('test-1-main.R:887:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(coef(wm0)) not equal to unname(fixef(lmr)).   1/2 mismatches   [1] 297 - 298 == -0.146   ── Failure ('test-1-main.R:888:3'): Three level model slash and colon ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────   unname(wm0$vars[length(wm0$vars)]) not equal to unname(lmr@devcomp$cmp["sigmaML"]^2).   1/1 mismatches   [1] 955 - 897 == 57.6      [ FAIL 33 | WARN 22 | SKIP 14 | PASS 107 ]   Error: Test failures   Execution halted
• checking for unstated dependencies in vignettes ... OK
• checking package vignettes ... OK
• checking re-building of vignette outputs ... [17s/55s] OK
• checking PDF version of manual ... [7s/11s] OK
• checking HTML version of manual ... OK
• checking for non-standard things in the check directory ... OK
• checking for detritus in the temp directory ... OK
• DONE

Status: 1 ERROR